高山寺の読み方について

結論からすると、「こうさんじ」「こうざんじ」どちらも正しい。
（京都府の紹介ページでは、「高山寺（こうざんじ・こうさんじ）」となっています。）

強いて言えば、最近は「こうさんじ」とする傾向があるので、そちらに従ったほうが無難と思います。

但し、英語表記では、世界遺産の看板で「Kozan-ji」と表記していること、また、インターネット上では「z」のほうが流通しているため、扱いが難しい。

原因

世界遺産の看板の表記、過去に設置した京都市の案内板が「こうざんじ」（Kozanji）だったこと。平凡社『京都・山城寺院神社大事典』（初版：1997年）も「こうざんじ」でした。同時期に「s」表記をしていたのは、著者が確認した中では、公式サイトのみでした。

再訪時にパンフレットが刷新されており、そこには「こうさんじ」「Kosanji」と表記されていました。また、新たに設置された京都市の案内板は「s」に変更されており、現在、高山寺境内には異なる読み方の新旧案内板が置かれています。日本語読みは、漢字と対でかな表記させることが多いので、そこまで気にする必要がないのですが、英語となると、意味そのものが異なるため、表記法で悩む事になります。